密勒日巴幼年时，父亲的遗产被伯父强占，导致他和母亲、妹妹过着非常困苦的日子。所以他长大后，便发誓要学咒术和放冰雹来报复。学成以后，用咒术杀死了伯父家族三十五人，引起了家乡人们的愤怒；接着他又连续放冰雹，来惩罚家乡的人。后来因为杀了太多人，他心生悔意，才开始想学习正法。
一开始，他遇到一位精通大圆满法的大师容敦拉嘎。大师对他说：“我有一个非常殊胜的法门，白天学习，白天就可以成佛，晚上学习，晚上成佛，有上根器因缘的人，不需要学习，一听闻就能解脱。”同时传授他大圆满的灌顶和诀窍。
密勒日巴心想：“我学咒术，需要十四天才学会；学放冰雹，需要七天才成功，这个法门比咒术和放冰雹更容易学，我现在能遇到这个因缘，应该是上根器的人吧！想必不用学就会了。”所以，他没有好好修持，整天睡懒觉。没想到，过了几天，这位大师说：“你真是个大罪人，我不能调伏你，你还是去找你有因缘的上师，他是那诺巴大师的亲传弟子马尔巴。”
密勒日巴一听到上师马尔巴的名字，顿时全身汗毛直立，泪流满面，心里生起无比的欢喜，非常渴望尽快见到上师，便立即出发去找上师。这时候，上师马尔巴也做了许多殊胜的梦，知道密勒日巴即将来找他，就在当天打扮成农夫，到路边迎接他。
密勒日巴见到正在耕地的马尔巴时，虽然不认识他，却产生了不可思议、不可言说的喜悦之情。密勒日巴说明来意，但马尔巴大师并没有表明自己就是他要找的人，只是答应引介他去见马尔巴，之后要他帮忙耕地，并赐给他一壶酒，就走了。密勒日巴把酒一口气喝完（注解2） 。就在他耕完土地时，马尔巴叫儿子来带他去见马尔巴大师。
密勒日巴见到马尔巴大师，顶礼之后说：“上师啊，我是个大罪人，愿意将身口意供养您，请求上师赐予我衣食和正法，愿赐我即生成佛。”马尔巴大师说：“你罪孽深重，怪不了我，也不是我让你造罪的。不过你究竟造了什么罪？”密勒日巴详细说了经过。
马尔巴大师说：“供养身口意是很好，但是衣食和正法不能全部给你。要不就给你衣食，但你去别处求法，或是传法给你，你去别处找衣食。如果选择要我赐予你正法，是不是能够即生成佛，主要还是必须靠你自己的精进和毅力。”于是，密勒日巴选择了向马尔巴大师求法，衣食则自己化缘解决。
密勒日巴追随上师马尔巴的过程中，上师也给他很多无情的折磨。他告诉密勒日巴：“我有许多来自卫藏地区的信众，常常被浪巴等地区的人殴打，不能到我这里供养我，所以你去那里放冰雹把这些恶人打死，事成之后，我会传法给你！”密勒日巴非常纠结，心里无比悲伤。可是，师命难违，就去大放冰雹把这些恶人活活打死了。事毕，马尔巴又责骂他罪大恶极，到处害人，不肯传法给他。
接着，马尔巴又叫密勒日巴去山上为他儿子盖房子。密勒日巴按照上师的指示，在东山、西山和北山上，各盖了不同形状的房子，每当他盖到一半的时候，马尔巴又叫他全部拆掉，重新盖过。在建盖的过程中，他不断背运石头，以至于背部长出了一个疮。师母看了不忍心，为他求情，马尔巴才为他传授皈依，但是不传其他的法。
后来，马尔巴又叫他去盖十层楼高的楼房，答应他盖好以后，就会传他密法不共的诀窍。当他正在打地基时，上师的大弟子无意中滚来了一块大石头，他便用来做地基。当他盖到第二层楼时，上师马尔巴发现有一块石头，不是密勒日巴自己搬来的，于是叫他全部拆掉重新盖。当他重新盖到第七层楼时，他的腰部长了第二个疮。
没多久，马尔巴又叫他先放下盖楼的工程，去盖一处有十二根柱子的走廊。他在修建走廊时，不停地背沙运石，背脊上又长出一个疮，这些疮在身上化脓又化血，马尔巴还是不给他灌顶，不给他传一点佛法。
后来，有一位鄂敦大师向马尔巴大师祈求喜金刚灌顶，密勒日巴也想要参加，坐在灌顶的行列里。但马尔巴不仅不让密勒日巴接受灌顶，还痛骂殴打他一顿。就这样，上师除了要求他做苦行和打骂他，一直没有传法给他。
最后，密勒日巴心想，看来不可能从上师马尔巴得到教法了。他心生绝望，于是决定离开，漂泊他乡。当他来到南岩这个地方，为人家念诵《般若八千颂》时，看到以前常啼菩萨为了求般若法门，历经千辛万苦的故事，非常惭愧又感动，决定要回去上师马尔巴那里，继续苦行，坚持求法，依教奉行，让上师欢喜。
当他回马尔巴大师那里，马尔巴大师还是继续打骂他，师母看不下去，叫密勒日巴去上师的另一个弟子鄂敦大师那里求法。虽然鄂敦大师将密法的诀窍传给他，教他修法，但因为没有得到上师马尔巴的允许，所以无论他如何修，也无法生起一点点相应的功德。
后来，他私自求法这件事，被马尔巴大师知道了。有一天在荟供的法会上，马尔巴大师狠狠地责打了师母、鄂敦大师和密勒日巴三人，并且把他们全部赶出去。密勒日巴很难过，为了他求法，连累了师母和鄂敦大师，不但自己得不到正法，还造了许多罪业。正当他忍耐到了极限，身心即将崩溃。忽然，上师马尔巴把他和鄂敦大师一起叫过来。从此，全心摄受他，为他开示诸多妙法，正式命名他为密勒金刚幢。
在传授他胜乐金刚灌顶时，马尔巴大师为他显现六十二本尊坛城，赐名为笑金刚。顿时，所有殊胜坛城立刻现在他眼前，他得到上师马尔巴所有的灌顶和诀窍，犹如宝瓶之甘露灌入另一宝瓶，全数传授给他。之后，密勒日巴尊者勇猛精进，苦行励修，最终证得了殊胜和共同的成就。
由此可见，上师们为了消除弟子的业障，清净弟子的罪业，不得不用非常的手段。当然，这些上师必须是有足够的成就与功德，是真正的大圣师。真正的大圣师，不仅要通达佛教法义，而且要有能让弟子看得见、摸得着的实证功夫。应当明确的是：地位再显赫，名头再大，着书再多，如果只有空头理论，而无实际的神通证量，也是地地道道的凡夫俗子。至于如何鉴师，如何判别圣神通与外道的神通，这是另一个十分重要的问题，在这里就不赘述了。
注:密勒日巴尊者传下来的法脉，就是现在的噶举派。从法脉传承而言，师徒关系依序是帝洛巴、那诺巴、马尔巴、密勒日巴。密勒日巴是西藏阿里贡塘地方人。